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L'eruzione del 1883 espulse più di 5 miglia cubiche (circa 21 chilometri cubi) di roccia, cenere e pietra pomice, generando un boato tra i più forti mai registrati da essere umano - l'esplosione del cataclisma fu distintamente ascoltata fino ad Alice Springs in Australia, e a Rodriguez vicino all'isola Mauritius, e il riverbero delle onde atmosferiche fu avvertito in tutto il mondo. 165 villaggi furono devastati, 36.000 persone morirono e molte migliaia di persone furono ferite dall'eruzione, di cui gran parte a causa dello tsunami che seguì la tremenda esplosione.
L'eruzione del 1883 distrusse i due terzi del territorio che allora era l'isola di Krakatoa. Nuove eruzioni del vulcano, dal 1927, hanno fatto emergere una nuova isola, detta Anak Krakatau (figlio di Krakatoa).
Il Krakatoa è stato inattivo per due secoli, prima dell'inizio dell'eruzione il 20 maggio 1883. Per diversi anni prima di questa eruzione si verificarono fortissimi maremoti, e gli effetti di alcuni di questi si avvertirono anche in Australia. L'eruzione iniziò con piccole emissioni di vapore il 20 maggio, e queste continuarono per i tre mesi successivi.
L'11 agosto tre aperture regolarmente eruttavano dal vulcano. In questo periodo le maree furono stranamente alte (molte imbarcazioni ormeggiate affondarono), e fenomeni come il frantumarsi immediato di finestre erano ordinari. L'11 agosto si vide l'inizio di un'eruzione più ampia, con una colonna eruttiva carica di cenere proveniente da 11 aperture. Il 24 agosto l'eruzione si intensificò, e il culmine del cataclisma iniziò domenica 26 agosto verso mezzogiorno. Nuvole di cenere provenienti dall'eruzione raggiunsero un'altezza di 36 km, e si generò il primo tsunami. Il 27 agosto le eruzioni avvennero alle 05:30, 06:42, 8:20 e alle 10:02 ora locale.
L'ultima di queste eruzioni aprì delle fessure nella roccia del vulcano, ed in questo modo l'acqua del mare si riversò nella camera magmatica. L'esplosione risultante del vapore surriscaldato distrusse gran parte dell'isola. Il suono dell'esplosione fu avvertito finanche in Australia, lontana 3500 km (2200 miglia), e nell'isola di Rodriguez vicino a Mauritius, lontana 4800 km (3000 miglia). Fu il suono più forte registrato nella storia: tale primato è però conteso dal suono generato dall'eruzione del monte Tambora nel 1815, sempre nell'arcipelago indonesiano.
Benché sembri che nessuno sia stato ucciso dall'esplosione iniziale, lo tsunami generato provocò effetti disastrosi, uccidendo circa 36.000 persone, ed eliminando diversi villaggi, tra cui Telok Batong a Sumatra, e Sirik e Semarang nell'isola di Giava. Circa altre 1.000 persone morirono per gli effetti dei fumi vulcanici e della cenere. Navi lontane, nel Sudafrica, si rivoltarono quando lo tsunami le colpì, e i corpi delle vittime furono trovati nell'oceano per settimane dopo il tragico evento. Ci sono numerosi rapporti che documentano la presenza di gruppi di scheletri umani vaganti alla deriva per l'oceano indiano su zattere di pomice vulcanica, e finiti sulle coste orientali dell'Africa fino a un anno dopo l'eruzione.
L'eruzione del 1883 fu tra le più dannose esplosioni vulcaniche nell'era moderna, classificata con VEI pari a 6, equivalente a 200 megatoni (200 milioni di tonnellate di TNT) - per fare un paragone, la bomba più grande mai costruita dall'uomo, la bomba zar, ha una potenza di 50 megatoni. Le onde d'aria generate dall'esplosione "viaggiarono" sette volte intorno al mondo, e il cielo si scurì per i giorni successivi. L'isola di Rakata quasi cessò di esistere, dal momento che oltre due terzi della superficie fu polverizzata, e il fondo dell'oceano che la circondava fu drasticamente alterato. Due isole vicine, Verlaten e Lang, incrementarono la loro superficie. La cenere vulcanica continua a costituire una parte significativa della composizione geologica di queste isole.
Ci sono alcune prove che dimostrano come l'esplosione finale possa non essere stata causata dall'ingresso dell'acqua di mare nel vulcano. La camera magmatica sotto il vulcano era composta da materiale di colore chiaro e relativamente freddo. Dopo l'eruzione del 20 maggio entrò nella camera, dalla profondità, materiale più caldo e di colore scuro. Il nuovo materiale riscaldò la roccia fusa originaria, emettendo gas disciolti, ed aumentando la pressione. Le eruzioni del 25 e 26 agosto liberarono la gola del vulcano rilasciando la pressione nella cataclismica esplosione che distrusse gran parte dell'isola. La pietra pomice dell'eruzione evidenzia una miscela di materiali di colore chiaro e scuro.
L'eruzione generò tramonti spettacolari in tutto il mondo per diversi mesi successivi, a causa del fatto che la luce solare si rifletteva sulle particelle di polvere sospese nell'aria, eruttate dal vulcano nell'atmosfera. L'artista inglese William Ashcroft realizzò centinaia di schizzi a colori dei tramonti rossi intorno al mondo (generati dal Krakatoa) negli anni successivi all'eruzione. Nel 2004 alcuni ricercatori supposero che il cielo, color rosso sangue, del famoso quadro di Edvard Munch L'urlo, realizzato nel 1893, sia in realtà una riproduzione accurata del cielo norvegese dopo l'eruzione. A causa delle particelle di cenere emesse nell'aria, la Luna mantenne per anni un colore bluastro. Inoltre la temperatura media terrestre si abbassò. Il livello dell'acqua si alterò dall'epicentro fino al canale della Manica.
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